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Der Große Klappertopf und der Kleine Klappertopf blühen. Es gibt da eine Faustregel um sie zu unterscheiden: Der Kleine Klappertopf (Rhinanthus minor) ist eine ganz und gar dunkelgrüne Pflanze, der Große Klappertopf ist hellgrüner. Das Bild zeigt auch, daß an der Oberlippe des Klappertopfes ein kleiner dunkelgefärbter Zahn wächst. Am Großen Klappertopf (Rhinanthus serotinus) ist der kleine Zahn etwas länger gewachsen, als am Kleinen Klappertopf.

Die dritte Art die in Estland wächst, der einzigartige Saaremaa Klappertopf (Rhinanthus osiliensis) fängt später an zu blühen, erst in der Mitte des Sommers.